第一节 建立健全流域统一管理与行政区域管理相结合的体制
历史上，黑河水资源一直沿用均水制，没有设立专管机构。新中国成立后，甘肃省为协调地区间用水矛盾，由酒泉、武威两专署邀请驻河西解放军，于1951年元月设立了黑河流域水利管理委员会，1952年交由张掖县管理，后因行政区划变更等原因，历经7次撤并分立。现沿袭以行政区域为单元的管理体制。
为了加强黑河流域的综合管理，使有限的水资源最大限度的满足当地经济社会发展和生态改善的需要，根据国务院中编办1999年1月的批复，水利部黄河水利委员会成立了黑河流域管理局，负责黑河水资源的统一管理和保护。但是，由于黑河横跨青海、甘肃、内蒙古三省（自治区），上、中、下游经济结构、用水习惯等方面差异较大，用水矛盾十分尖锐，利益调整极为复杂，流域管理中的一些突出问题很难解决。因此，必须加强流域管理体制建设，建立起权威、高效、协调的流域管理体制，实行流域管理与行政区域管理相结合。
一、建立流域综合治理联席会议制度
由国务院授权水利部会同国家发展计划委员会、财政部、国家环境保护总局、国家林业局、农业部、国土资源部、解放军总装备部等部委和内蒙古自治区、甘肃省、青海省以及黄河水利委员会实行联席会议制度，协商解决黑河流域综合治理的重大问题。联席会议议定的事项由有关部门和省（自治区）在各自职责范围内分别组织实施。黄河水利委员会承担会议组织及议定事项落实情况的监督。
二、明确流域管理与区域管理的事权划分
黑河流域管理局负责水资源统一管理和调度，组织编报水资源开发利用和保护规划、水量分配方案和年度用水计划；负责流域内重要水文控制站及流域水资源监测的监督工作；组织实施取水许可制度，检查、监督流域水量分配计划执行情况。负责组织流域内重要水工程的建设、运行调度和管理。协调处理流域内省（自治区）之间水事纠纷。
地方政府负责贯彻执行有关流域综合治理和水资源管理的政策、法规,落实流域水量分配方案、年度水量调度方案、年度用水计划和节水措施，并实行行政首长负责制，将执行情况作为考核政府政绩的主要内容。
三、建立水政监察执法队伍
为维持正常的水利秩序，按照水利部13号令《水政监察工作章程》的规定，组建黑河水政监察队伍，加强省（自治区）用水总量和省际断面下泄水量的监督检查及水行政执法等。鉴于黑河水事矛盾极为尖锐复杂，建议地方政府设立黑河水事警察，负责本省（自治区）用水日常监督和巡察，处理日常水事纠纷。
第二节 实施水资源统一管理和调度
一、实行流域取水许可分级管理制度
按照总量控制的原则，根据批准的黑河水量分配方案，由黑河流域管理局会同甘肃、内蒙古两省（自治区）对各取水口引水量进行核定，按照分级管理的原则，合理划定取水许可管理权限，对地表水日取水量大于1万m3的工业与城镇生活取水及年取水量大于2000万m3的农业取水口门，由黑河管理局登记发放取水许可证，并负责监督管理；此限额以下的口门由省（自治区）、地区（盟）水行政主管部门按照黑河管理局核定的水量指标，分级发放取水许可证，负责监督管理。对于无证取水或未按规定取水等违法行为，按有关规定予以处罚。
二、加强黑河干流水量统一调度和水事协调
以国务院审批的《黑河干流水量分配方案》为依据，兼顾不同地区和部门的用水量和时间要求，按分步实施、逐步到位的原则，根据来水情况，由黑河管理局逐年编制黑河干流水量实时调度方案，按程序报批。
由黑河管理局、甘肃省和内蒙古自治区组成黑河干流省际水事协调小组，实行代表制。研究有关协调方案，并对水事问题协调及有关决定执行情况进行监督和检查。
三、严格用水管理
甘肃和内蒙古两省(自治区)负责具体落实黑河干流水量分配和实时调度方案，强化用水监督管理，协调省（自治区）内部的水事矛盾。
第三节 经济社会宏观布局调整
二十世纪六十年代以来，黑河中游大量垦荒，扩大耕地面积，发展商品粮基地。虽然在一定时期内，对缓解甘肃省的缺粮问题做出了贡献，但农业用水大量增加，挤占了生态用水，造成了下游荒漠植被的衰亡和沙漠化迅速发展，生态系统日益恶化。鉴于此，国家在实施西部大开发战略中，应对当地经济社会宏观布局进行战略性调整。严格控制人口增长，加大政策扶持力度，发展特色经济。在城市和工业建设中，贯彻节水优先，治污为本，多渠道开源战略，充分考虑干旱区的特点，禁止耗水量大和污染严重的项目。
各级地方政府要切实落实好退耕还林还草的各项政策措施，发展特色和高效农牧业，解决好农民的增收问题。
第四节 逐步建立合理的水价体系，促进节约用水
目前，黑河流域的水利工程供水价格是按照1985年国务院颁发的《水利工程水费核订、计收和管理办法》核定的。随着社会主义市场经济体制的建立，供水业也由公益型向经营型转变，水价已初步纳入市场价格管理体系，原有的水费征收和管理办法与现在的经济体制越来越不相适应，与黑河水资源短缺、下游生态环境急剧恶化很不适应。为此，建立适应市场经济原则和黑河流域特点的水价体系，对保持黑河地区的水资源可持续利用和经济社会的可持续发展有着重要的战略意义。
按照建立新的水价形成机制的要求，考虑资源水价和环境水价，充分发挥价格在节水中的杠杆作用。根据国家《水利产业政策》的规定，按照满足运行成本和费用的原则重新核定流域供水中农业用水价格；按照满足运行成本、费用和获得合理利润的原则，重新核定流域供水中工业和城镇生活用水价格。水价改革三年内逐步到位，以后根据供水成本变化情况适时调整，争取尽快达到成本水平。对新建水利供水工程，要按照满足运行成本和费用补偿、缴纳税金、归还贷款和获得合理利润的原则核定其价格，合理利润按成本水价的5?0%计收取。
建立“统一领导，分级管理”的水价管理体系。流域管理部门以制定统一的水价管理目录、水价管理原则和水成本核算体系、方法、制度等方面为侧重点，实行“统一领导”；水成本的核算和水价审批管理应以地方各级政府及其物价、水利部门为主，实行“分级管理”。加强用水的计划管理，流域各灌区应对各类量水、测水设施实行统一管理，进一步完善供水的计量设施和计量手段，强化水费计收工作。
第五节 强化基础研究工作
当前要以保护和合理恢复流域生态系统为目标，抓紧完成黑河水资源开发利用保护规划，开展流域水资源承载能力、沙尘暴成因及危害、生态需水量、地表水与地下水转换规律、平原水库调整、渠道衬砌及加大中游地下水开发可能产生的生态问题、干流水量调度关键技术等方面的科研工作。
第六节 加强法规建设，依法进行流域管理
为尽快解决当前黑河流域管理和综合治理中的存在突出问题，加快综合治理步伐，建议国务院尽快颁布“关于加强黑河综合治理的决定”，明确黑河流域综合治理的方针、近期实施意见以及各项保障措施，明确有关部门和省（自治区）在黑河流域管理和综合治理中的职责。
为进一步加强流域综合治理和水资源的统一管理，特别是为确保黑河水资源管理的规章、制度和授权的约束力、权威性，必须将其以法律或法规的形式予以明确，因此，当前要尽快完成《黑河流域管理条例》的起草，报国务院审批，颁布执行。主要内容包括:黑河综合治理和水资源开发利用的基本原则；黑河流域管理及水管理制度；流域管理和区域管理的职责和权限；水量调度管理制度、干流河道及水工程管理制度、水事纠纷调处制度和省际用水水事协调规约等。
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